Le indagini si sono concentrate sulla sommità della collina di S. Marco a circa 1500 m dalla attuale linea di costa (figg. 1-3). Un luogo questo di per sé particolarmente strategico se si pensa a come dalla collina di S. Marco si possano dominare le rotte dall’Africa alla Sicilia nonché le possibilità di transito verso l’interno dell’isola. Tali indagini hanno previsto una serie di scavi estensivi dislocati sulle varie terrazze moderne, tra la sommità del rilievo e le sue pendici settentrionali e occidentali. Sulla sommità della collina sono state individuate e scavate una serie di cisterne, molte delle quali realizzate in età punica (fig. 4). Lo scavo dei riempimenti di tali cisterne, effettuati in modo unitario in un’epoca probabilmente precedente il V-VI d.C., ha restituito dei risultati sensazionali, portando alla luce una serie di reperti di grande importanza storico-artistica. È in questo settore, infatti, che sono state rinvenute le ormai ben note teste marmoree di Cesare, Antonia minore e Tito, collocabili cronologicamente in età giulio-claudia (figg. 5-7).

Particolarmente fortunata si è dimostrata l’ultima campagna di scavo (2005) nell’area sommitale della collina. L’indagine ha permesso di recuperare parte di un grande edificio e della sua decorazione in stucco (fig. 8), probabilmente un tempio databile in via ancora preliminare alla seconda metà del III sec. a.C. Immediatamente ad ovest di questo edificio, le precedenti campagne avevano portato alla luce il tratto terminale della rampa tagliata nella roccia, che permetteva l’accesso alla sommità della collina dal pendio occidentale. Tale rampa, pertinente già al sistema insediativo punico, tra III e inizi del II sec. a.C. viene ad essere monumentalizzata nel suo tratto terminale da una scalea con elegante pavimentazione in signino (fig. 9).

Di particolare interesse si è dimostrato anche il pendio occidentale e settentrionale della collina, dove è stata individuata una complessa pluristratificata sequenza di strutture. E’ stato innanzitutto individuato un tratto del sistema viario di collegamento tra città bassa e “acropoli” (costituito da una rampa realizzata nella roccia affiorante) in connessione con un duplice imponente sistema difensivo e ad una serie di edifici dall’evidente destinazione domestica.

La rampa nord-sud doveva essere delimitata ad ovest, in una prima fase di frequentazione probabilmente di IV sec. a.C, da un complesso sistema pertinente alla difesa dell’insediamento. In particolare è stato individuato un ingresso, con rampa lapidea a gradini, contenuta tra due strutture in blocchi in tecnica isodoma. Un radicale intervento di ridefinizione urbanistica è attestato invece dopo il 217 a.C, quando l’isola viene presa dai Romani. Durante questi sconvolgimenti, forse, si realizza un grande muro in opera pseudoisodoma, che s’imposta direttamente sulla rampa, che viene in questo modo notevolmente a restringersi. Il muro piegando ortogonalmente verso sud viene a realizzare un nuovo sistema difensivo, che stravolge completamente il precedente impianto difensivo della città (figg. 10-11).

All’esterno di questo muro, si realizza successivamente un impianto domestico, che si viene ad impostare su quanto restava della cortina muraria più antica, quella verosimilmente risalente ad età punica (fig. 12-13). La presenza di questo impianto a ridosso delle mura, si spiega verosimilmente con la perdita di funzione del sistema difensivo: tale momento può essere individuato negli anni immediatamente successivi al 146 a.C., anno della distruzione di Cartagine e della definitiva pacificazione di questa area del Mediterraneo.

Nel settore immediatamente a nord-est di questo, lo scavo ha messo in luce una serie di spazi e ambienti articolati, con ogni probabilità, su tre livelli a partire dalla base del bastione, fino alla quota di una strada che partendo dal bastione si dirige in direzione nord, diventando l’asse di servizio di due blocchi di strutture. In questo settore è stato rinvenuto l’angolo est/ovest del muro che s’impostava sulla rampa (fig. 14). Probabilmente questo angolo potrebbe inquadrare un ingresso, venendo in questo modo a formare una torre monumentale, in ottimo stato di conservazione, di cui doveva esserci probabilmente un corrispettivo più a nord, che non si è ancora portato alla luce. Molto probabilmente, quando la rampa non funzionava più come strada di accesso all’acropoli, le due torri inquadravano l’accesso principale. In un momento successivo, a questa torre si sono addossati degli edifici, appartenenti ad un complesso di natura certamente domestico (figg. 15-16), che conosce una serie di ristrutturazioni anche rilevanti della pianta, inquadrabili in almeno tre fasi edilizie, la cui cronologia può essere fissata tra il III e l’inizio del  I sec. a.C.

A nord del precedente edificio è venuto alla luce parte di un edificio a carattere privato articolato in cinque ambienti, uno dei quali ha restituito un tesoretto costituito da ventitre monete di bronzo, di zecca punica (tranne una coniata nella zecca di Ampurias), databili tra la fine del III ed la prima metà del II sec. a.C. Per ciò che concerne la cronologia dell’edificio, anch’esso sembra presentare tre fasi costruttive, la prima delle quali si riferisce al III sec. a.C. la seconda al II sec., con una frequentazione che potrebbe spingersi fino all’inizio del I sec. a.C., mentre l’abbandono sembra sia avvenuto non oltre la prima età imperiale.